La Secretaría Ejecutiva, encabezada por el Secretario Ejecutivo, conforma el equipo encargado de aplicar y de dar seguimiento a los acuerdos de la CIBIOGEM. Además, su función es apoyar a la Comisión para garantizar el cumplimiento de la Ley de Bioseguridad de Organismos Genéticamente Modificados y sus Reglamentos.

La misión de la Secretaría Ejecutiva es la de coordinar y fomentar las acciones de las instancias de gobierno que conforman a la CIBIOGEM y sus órganos de consulta, a efecto de generar certidumbre en la sociedad con respecto al uso y actividades relacionadas con Organismos Genéticamente Modificados (OGMs).

Además, busca proponer políticas y mecanismos para asegurar que los productos derivados de la biotecnología sean utilizados de forma segura para beneficio del país y de la sociedad. Por otro lado, también debe establecer mecanismos de participación pública y dar mantenimiento al Sistema Nacional de Información sobre Bioseguridad.