El surgimiento del Pronace Seguridad Humana tiene como causas principales: el reconocimiento de las violencias estructurales y sus lamentables y lacerantes consecuencias, así como la falta de garantías para que grupos en movilidad e históricamente vulnerabilizados accedan a los derechos humanos.
Además, el Pronace Seguridad Humana alienta la articulación entre organizaciones de base comunitaria, colectivas, instituciones de gobierno e instituciones educativas. Su interés se centra en la construcción de sujetos y sujetas sociales que fomenten la transformación de las realidades de las y los mexicanos que padecen violencias y que no pueden acceder a los derechos humanos fundamentales.