Desde su creación, el 29 de diciembre de 1970, el Conahcyt ha sido dirigido por los siguientes servidores y servidora públicos.
| PERIODOS | DIRECTORA Y DIRECTORES |
|---|---|
| 2018 – Presente | Dra. María Elena Álvarez-Buylla Roces |
| 2013 – 2018 | Dr. Enrique Cabrero Mendoza |
| 2011 – 2013 | Dr. Enrique Villa Rivera |
| 2007 – 2011 | Mtro. Juan Carlos Romero Hicks |
| 2005 – 2006 | Dr. Gustavo Chapela Castañares |
| 2001 – 2005 | Ing. Jaime Parada Ávila |
| 1995 – 2000 | Lic. Carlos Bazdresch Parada |
| 1991 – 1994 | Dr. Fausto Alzati Araiza |
| 1989 – 1990 | Dr. Manuel V. Ortega Ortega |
| 1988 – 1988 | Dr. José Gerstl Valenzuela |
| 1983 – 1988 | Dr. Hector Mayagoita Domínguez |
| 1977 – 1982 | Dr. Edmundo Flores Flores |
| 1973 – 1976 | Dr. Gerardo Bueno Zirion |
| 1971 – 1972 | Ing. Eugenio Méndez Docurro |